一、前期投资成本高企
循环水养殖前期的投资包括土地租赁、土建与大棚、设备采购、输电线路、甚至道路铺设等。因为水产养殖场大都建立在远离城市的区域，因此，各种物资的运转都比较麻烦。且如土地等资源等，可能要一次性大额支出。在沿海想就近建设大棚的，需要特殊的钢结构大棚来预防台风危害，成本相应较高。北方的大棚也要考虑到保温的问题。因此，没有较强的抗风险能力，在建设工厂化循环水养殖场的前期一定要充分论证、合理预算。
另外全套的循环水设备的成本也不低。当然，在沙漠中用循环水养殖海水鱼也是可以的，但无非是成本的问题。如果没有廉价的热源或水源，仅加热及换水的成本就不支持养殖场盈利。因地制宜地利用现场的水源或热源，是降低循环水养殖长期运营成本的关键所在。所以，目前鲜少有内陆循环水养殖的全套系统。这也是行业内缺乏全套样板的原因。
二、系统能耗太高。
能耗太高的问题，可以从多方面入手。我们有着多年的工程设计和现场施工经验，推出以下建议：
1.大水体的水产养殖场可以修建大型生化过滤池。以适应高密度循环水养殖的需求。高密度状态下，水体的氨氮及亚硝酸盐是一个令人头痛的问题。生物过滤的负载过大。生物过滤尽可能做成滴流式生物过滤。因为这样的效果最好。而且，要特别重视生物过滤的重要性。生物过滤的形式及滤料的总体积是影响生物过滤器效果的重要原因。以目前的以验来看，滴流生物过滤和潮汐式生物过滤的效果较好。
2.水泵用电量过大的问题。我们建议尽量减少水泵的功率和数量。在设计上，我们经过多年的苦心探索，建议使用微滤机加主循环泵的方式来降低系统的能量损失。因为，如果你使用了过滤砂缸等设备，则单线的系统水泵使用数量就不少于两台。而如果用自动反冲洗的微滤机，水泵是后置式的，后面的紫外线杀菌器、冷暖机等设备只用这一台水泵即可。另外在挑选水泵时尽可能用低扬程、大流量的水泵。轴流泵就是一个比较好的选择。生物过滤在设计时，应考虑水位落差的问题。尽可能使生物过滤的进水只利用前端管道的水头压而不必再用另一台水泵提水。